Der Kwando entspringt im Hochland von Bie in Angola. Er fließt innerhalb Angolas erst einige Kilometer in Richtung Süden, um dann die Grenze zu Sambia zu bilden. Der Kwando durchfließt den Caprivi-Zipfel bei Kongola. Am Südrand des Caprivi-Zipfels bildet er die Grenze von Botsuana und Namibia.